Эти успехи окрыляют и заставляют думать о реальной возможности вместе с частями Народной армии похода на Москву, но он, получив сведения о находящейся в Екатеринбурге в лапах большевиков царской семье, резко разворачивает свои части на север, на Екатеринбург, но здесь красные войска неожиданно оказывают жестокое сопротивление, порой Войцеховский лично возглавлял наступающее части, но, увы, получилось так, что успех его наступления предопределил судьбу Николая Второго и его семьи, большевики перед тем, как бежать из Екатеринбурга, за десять дней до взятия Войцеховским города расправились с царской семьей. 17 октября 1918 года «за отличия в боях и выдающуюся службу» Войцеховский Чехословацким национальным советом был произведен в генерал-майоры и назначен командующим объединенной с Народной армией Самарской группой войск. Под его командованием группа вела оборонительные бои в Поволжье: не только остановив наступление красных, но и отбросив их за реку Ик, упрочила положение белых на Самарском фронте. С конца октября по декабрь 1918 г. он – командующий Уфимской группой войск, на базе которой позже будет сформирована Западная армия генерала Ханжина. В Уфе Войцеховский с недоверием был встречен белыми войсками, где осенью 1918 г. сложилась тяжелая ситуация из-за наступления красных войск, но своими решительными действиями быстро завоевал их симпатии. В это время он порывает с эсеро-меньшевистским Комитетом Учредительного собрания, которому подчинялась Народная армия, и который своими распоряжениями только мешал войскам, после чего запретил эсеровским агитаторам посещать воинские части, опасаясь из разложения. Создав маневренную группу из 7 чехословацких батальонов в районе Белебея и разместив добровольческие части уже прославившегося подполковника Каппеля в центре своих позиций, 10 – 18 ноября 1918 г разбил этими силами красных на направлениях Белебей – Уфа. В конце ноября – начале декабря 1918 г. для замены измотанных частей Каппеля бросил в бой небольшие силы отряда восставших против большевиков ижевских рабочих под командованием капитана Молчанова, которые потеряли в этих боях и от морозов до 40 процентов своего состава, но выполнили приказ Войцеховского.
После прихода к власти 18 ноября 1918 г путем военного переворота адмирала А.В. Колчака и объявления им себя Верховным правителем России на время войны нарастают противоречия между ним и командованием Чехословацкого корпуса. А.В. Колчак требовал подчинения себе всех противобольшевистксих вооруженных сил, руководство корпуса этому сопротивлялось. С.Н. Войцеховский оказался в сложном положении. Чехов меньше всего интересовала судьба России, и чем дальше на восток, тем больше корпус превращался в сборище мародеров. Ими практически была захваченная Транссибирская железнодорожная магистраль почти на всем ее протяжении. Чехословацкий совет своим указом как бы «приватизировал» ее, и позже, уже за Уралом, отступающие белые части, беженцы, раненые тащились по бездорожью по обе стороны железной дороги, по которой шли чехословацкие составы, в том числе с награбленным добром. В Великую Отечественную войну можно было сравнить: братья-славяне в Гражданскую войну вели себя в России ничуть не лучше немецких оккупантов. Позже, уже в Сибири, своим мародерством чехословацкие части спровоцируют несколько крупных крестьянских восстаний против белых, полагая, что они и белые одно и то же, другие восстания вспыхивали под лозунгами: «Бей жидов и чехов!»
Но это позже. А пока Войцеховский принимает принципиальное для себя решение, он переходит на службу в Русскую армию. Приказом от 8 марта 1919 года Верховного правителя России А. В. Колчака в подтвержденном чине генерал-майора он назначается на самом ответственном участке фронта командующим 2-м Уфимским корпусом, во главе которого отражал весеннее наступление белых 1919 года в боях под Уфой, Златоустом и Челябинском. С августа 1919 года он – командующий Уфимской группой войск. Войска под его началом снова отбили Уфу, Бугульму, Чистополь и ещё несколько городов.
В ходе Тобольской операции белых 1 сентября 1919 г. при тяжёлом положении своего правого фланга войск перешёл в наступление, полностью выполнив задачу ударом во фланг 27-й стрелковый дивизии большевиков. После этого повернул свои силы на север и сбил врага на фронте Сибирской армии, чем позволил ей наконец начать контрнаступление. За это 12 сентября 1919 г. был награжден орденом Св. Георгия 3-й степени.
Фигура Войцеховского далеко не всех устраивала в большинстве своем променьшевистско-эсеровском руководстве Белой армии, так как он был сторонником жесткой армейской дисциплины. 20 ноября в селе Усть-Тарка за самовольное оставление фронта он застрелил командира Северной группы войск генерал-майора Петра Гривина (Петериса Гривиньша), который своим отходом вынудил отступить южную группу Войцеховского. После этого назначил войскам Гривина нового командующего А.В. Бордзиловского и приказал им с боем вернуть оставленные позиции. После доклада А.В. Колчаку об этом происшествии получил благодарность за наведение в армии порядка.
