В 1935 году новое назначение – командующим Пражским военным округом, несмотря на противодействие начальника Генерального штаба генерала Людвика Крейчи. Их взаимная неприязнь уходит корнями еще в сибирско-легионерские времена. С.Н. Войцеховскому была вверена самая крупная группировка чехословацкой армии, которую он переформировал по своему усмотрению и усиленно обучал. В результате Чехословакия к 1938 году имела отмобилизованную, обученную и хорошо вооруженную армию, численностью в 1,6 миллиона человек, а с учетом резервов – до двух миллионов. Вероятный будущий противник, Германия, имела превосходство только в самолетах. В это время обстановка в Европе уже стала накаляться, реально запахло войной. С.Н. Войцеховский начинает форсировать строительство оборонительно-фортификационных сооружений вдоль чешско-германской границы и готовить армию к противостоянию возможной агрессии. В результате, на границе с рейхом Чехословакия стала иметь полосу мощных железобетонных укреплений. Послевоенный президент уже социалистической Чехословакии генерал армии Людвик Свобода говорил, что «пограничные укрепления были совершеннее хваленой немецкой линии Зигфрида или знаменитой французской линии Мажино. После захвата пограничных районов нацистские саперы пытались взорвать наши укрепления, но безуспешно». Гитлеровский фельдмаршал Кейтель, который к началу Второй мировой войны возглавил верховное командование вермахта, потом признавал, что на преодоление этой оборонительной полосы немцы могли бы потратить полгода, и неизвестно, преодолели ли бы они ее вообще.
Военно-политическая ситуация обостряется настолько, что 26 сентября 1938 г. объявляется всеобщая мобилизация, в городе Кутна-Гора сосредотачивается командование 1-й армии, выдвинутой в направлении возможного удара вермахта. В задачу самой крупной военной группировки входит принятие на себя первого удара. Командующим группировки назначается генерал армии С.Н. Войцеховский.
Однако политическое руководство страны пошло по капитулянтскому пути. Это вызвало возмущение Войцеховского, поскольку в жестоких боях с превосходящими силами противника он никогда не сдавался и даже не помышлял о такой возможности. Его первой мыслью, которой он поделился с друзьями и единомышленниками, генералами Прхалой, Ингром, Гассалом, была мысль о проведении военного переворота и об устранении с политической арены президента Э. Бенеша. Будучи в свое время в близких отношениях с президентом Т.Г. Масариком и оценивая его как государственного деятеля большого формата, к президенту Э. Бенешу С.Н. Войцеховский относился весьма скептически. Предложение о военном перевороте, однако, наткнулось на решительное противодействие опять-таки начальника генштаба Л. Крейчи, усугубив и без того натянутые между ними отношения. Последней попыткой С.Н. Войцеховского переломить ход событий было его выступление на одном из последних перед Мюнхенским соглашением заседаний правительства. С убедительными цифрами о состоянии армии, в сопоставлении ее с немецкой, С.Н. Войцеховский призвал присутствующих принять решение об оказании военного сопротивления агрессору.
По воспоминаниям чехословацкого дипломата Яромира Смутного, 30 сентября 1938 года на совещании у президента с участием ведущих политиков и армейского командования, на котором рассматривалось поступившее под утро из Мюнхена требование передать нацистской Германии наиболее промышленно развитую и богатую природными ископаемыми Судетскую область, 90 процентов населения которой составляли этнические немцы, было решено принять условия Мюнхена. Из присутствовавших на совещании, помимо самого Смутного, за вооруженное сопротивление высказались лишь два человека: командующий Пражским военным округом генерал армии Сергей Войцеховский и начальник канцелярии президента Прокоп Дртина. Одним из главных сторонников капитуляции был генерал Ян Сыровый, которого во время Гражданской войны в России С.Н. Войцеховский вызывал на дуэль. Президент Эдуард Бенеш на совещании твердил, что у него есть некий тайный план противодействия Гитлеру, но в Чехии до сих пор горько шутят, что тем планом был аэроплан, на котором через несколько дней президент погибающей страны улетел в Лондон. Финалом совещания стало предложение Крейчи, чтобы не портить отношения с Гитлером, отправить генерала армии Войцеховского в возрасте 55 лет в отставку.
В результате 14 марта 1938 года немецкая армия вошла в Чехословакию, а чехословацкая армия была распущена, некоторые части вопреки приказу оказали входящим немецким частям вооруженное сопротивление. Объемы даром доставшегося чехословацкого оружия ошалевший от счастья Гитлер назвал астрономическими, ведь, он получил ресурсы, достаточные для обеспечения всем необходимым сорока дивизий. Только пулеметов было взято почти 44 тысячи стволов. Танки чешского производства были на острие танковых клиньев во время вторжения во Францию, Бельгию, Голландию, и составляли 40 процентов танковых армад, обрушенных на СССР в 1941 г, не говоря уже о том, что всю войну заводы Чехословакии по производству танков, как и другого тяжелого вооружения, работали в полную силу.
Многие ученые-геополитики склонны считать, что если бы президент Чехословакии Эдвард Бенеш на утреннем совещании 30 сентября 1938 года прислушался к мнению генерала Войцеховского, за спиной которого стояла готовая драться хорошо вооруженная армия, иначе могла сложиться судьба не только Чехословакии и Европы, но и даже всего мира. Или, если бы вняли С.Н. Войцеховскому чехословацкие генералы, которым он предлагал путем военного переворота отстранить Бенеша от власти, дело могло не дойти до Второй мировой войны, а если нападении все-таки бы состоялось, на помощь Чехословакии в соответствии с договором от 1935 года через Польшу могла бы двинуться советская Красная армия, дивизии первой очереди которой стояли уже в боевой готовности у польской границы, более того, было призвано дополнительно более 300 тысяч резервистов.
