В сентябре 1938-го года С.Н. Войцеховский был арестован гестапо, его допрашивали, но через две недели отпустили, определив под гласный надзор этого ведомства. Но Войцеховский не мог быть просто пенсионером. В 1939 году он вступает в Русский общевоинский союз (РОВС), отделения которого были во многих странах Европы. Но это, что касается будущего России. Но он переживал и за будущее Чехословакии. Уже в конце марта 1939 г. он возглавил подготовку к организации движения сопротивления, получившего название «Защита народа», вошел в подпольное Чехословацкое правительство, где занимал пост военного министра. Нужно отметить, что его белогвардейское прошлое и стойкие антисоветские взгляды, – он четко различал русский народ и оседлавший его большевистский режим, – не всем в руководстве движения пришлись по душе, особенно с точки зрения возможного в дальнейшем сотрудничества с СССР. С другой стороны, как профессиональный военный, он видел, насколько по-дилетантски относились к вопросам конспирации многие участники движения. Окончательно разочаровавшись в чешских политиках, он уходит из организации.
И вот тогда-то, когда дела у Германии стали идти совсем уж плохо, в его пражскую квартиру вдруг наведалась высокопоставленная военная немецкая делегация. После всяческих комплиментов и любезностей последовало предложение возглавить Русскую освободительную армию (РОА), ее возможный командующий генерал-предатель Власов не импонирует фюреру. С той же любезностью на прекрасном немецком языке, а он в совершенстве владел еще французским, чешским и словацким, Сергей Николаевич ответил, что «он ненавидит большевиков, но никогда не пойдет воевать против русского солдата». Может быть, этот ответ спас его в дальнейшем, после прихода Красной Армии, от верного расстрела, которого не миновали большинство русских офицеров, 25 лет назад служивших в Белой армии.
В годы Второй мировой войны не только гестапо, но, видимо, и советская разведка не спускала с Войцеховского глаз. Она была поразительно осведомлена о его пражской жизни, как и о жизни других видных деятелей русской эмиграции. Уже 12 мая 1945 г., т.е. через три дня после освобождения Праги, одновременно, по заранее заготовленным спискам и адресам приступили к «работе» арестно-расстрельные команды НКВД и СМЕРШ. Такие же расстрельные команды, не покладая рук, «работали» в Югославии, Германии, Болгарии, где был схвачен, а потом бесследно растворился в ГУЛаге начальник инвалидного дома русских беженцев под Шипкой генерал-лейтенант Бредов. В Праге же параллельно с арестами и расстрелами бывших белых офицеров шли расстрелы в госпиталях и больницах тяжелораненых солдат и офицеров восставшей против немцев дивизии РОА под командованием полковника Буняченко. Наши историки Великой Отечественной стеснительно умалчивают, что в мае 1945-го русские два раза брали Прагу, сначала, 7 мая – восставшая дивизия РОА полковника Буняченко, Чешский национальный комитет попросил ее освободить Прагу, чтобы предотвратить ее взрыв, какой готовили и польскому Кракову: «Спасите красавицу Прагу!». Обещали солдатам ее, лишившимся Родины, предоставить чешское гражданство. В Праге я найду старого чеха, который был свидетелем, как теперь уже бывшие власовцы, сбросившие с себя клеймо позора, в той же немецкой форме, только с белыми отличительными повязками на рукавах, шли бесстрашно на немецкие пулеметы. Но уже через день, когда к Праге стала подходить танковая армия Катукова, чехи снова слезно взвопили: «Спасите красавицу Прагу! Уходите, не устраивайте уличных боев с Красной Армией!». И восставшая против немцев дивизия РОА, которая и не собиралась воевать с Красной Армией, глухой ночью, оставив на попечение чехов тяжелораненых, уходила обратно на запад, ведя встречные бои с немцами, надеясь попасть в американскую зону оккупации, зная, что ждет их в Советском Союзе, несмотря на то, что они восстали против немцев. И вот теперь команды НКВД и СМЕРШ расстреливали, порой прямо в больничных постелях, этих тяжелораненых. Что тут можно сказать, чехов можно понять, я не так уж много путешествовал по другим странам, но из тех, что видел, Прага, несомненно, самый красивый город, Париж в подметки ей не годится.
Белый генерал С.Н. Войцеховский был арестован одним из первых, уже 12 мая. Вероятно, он ожидал такого поворота судьбы, так как за несколько дней до взятия Праги сначала дивизией РОА, а потом советскими войсками отправил жену и сына на территорию, занятую американской армией. Но сам он от судьбы не стал прятаться. На что он надеялся? Что учтут, что он, не признавая советской власти, никогда не боролся против своей родины, ни против своего народа? Его обвинили в участии в организации «Русский общевоинский союз», «которая ставила своей целью вооруженное свержение советской власти и организацию террористических актов против руководителей ВКП(б) и советского правительства». После нескольких месяцев изнурительных допросов в Бутырской тюрьме его приговорили к 10 годам так называемых исправительных лагерей. Кто-то из надзирателей сочувственно заметил: «Странно, что Вас не расстреляли ни в Праге, ни в Союзе, что Вы получили всего лишь 10 лет лагерей». Но, видимо, вверху, а, может, даже на самом верху, решили, что 10 лет вполне достаточно, пожилому человеку, пусть идейному врагу, но отказавшемуся возглавить РОА, с подорванным здоровьем. Еще с Первой мировой войны Сергей Николаевич страдал тяжелой формой язвы желудка, да и раны, полученные на ней и в Гражданскую войну, давали о себе знать.
